El 18 de mayo de 1291 caía oficialmente la ciudad de Acre. El asedio se había iniciado el 6 de abril, fecha en tropas musulmanas del Sultán de El Cairo compuestas por más de 160.000 soldados de infantería, 60.000 de caballería, catapultas y armas de asedio atacaron a la ciudadde 35.000 habitantes y defendida por apenas 14.000 soldados y 800 caballeros, del Temple, hospitalarios y teutónicos. A ellos se sumó un contingente de 2.000 soldados comandados por el propio Rey Enrique II de Jerusalén. La especial configuración de la ciudad de San Juan de Acre, de espaldas al mar y protegida en tierra por una doble muralla, permitió el aprovisionamiento constante durante el asedio y el refuerzo con las tropas llegadas desde Chipre al mando del propio rey el 4 de mayo. Ese acceso marítimo permitió también algunos ataques desde el mar a las posiciones de los sitiadores con buques blindados o, finalmente, la evacuación de una parte importante de la población civil. Entre los capitanes templarios al mando de buques de evacuación se encontraba Roger de Flor, cuya flotilla facilitó la huída de la ciudad a cientos de refugiados, muchos de los cuales entregaron, como agradecimiento, fuertes sumas de dinero a Roger que éste hizo suyas provocando así su expulsión de la Orden.
Dentro de los muros, los Maestres del Temple Guillermo de Beaujeu y del Hospital Jean de Villiers, habían hecho venir a sus mariscales Pedro de Sevrey (que había reemplazado a Godofredo de Vendac como Mariscal de la Orden) y Mateo de Clermont y habían reunido todas sus tropas disponibles. También estaba presente el recién nombrado Maestre de la Orden de los Caballeros Teutónicos, Conrado Feuchtwangen, que había traído consigo muchos caballeros de Europa.
El 18 de mayo, los musulmanes lanzaron el asalto final. Tras muchos días de erosión de las murallas mediante catapultas y minas explosivas, un ataque de flechas y proyectiles estimulado por el atronador redoble de tambores y trompetas abrió paso a la irupción de los soldados mamelucos por las brechas abiertas en las murallas. A sangre y acero desfilaron por las calles de la ciudad miles de musulmanes sedientos de sangre cristiana. El propio Gran Maestre Guillermo de Beaujeu resultó herido de muerte ese día mientras rechazaba el ataque musulmán con apenas 20 caballeros, 10 templarios y otros 10 hospitalarios. En un momento del combat, el Gran Maestre del Temple tiró su espada al suelo, agachó la cabeza y busco un un sitio hacia el interior de la muralla. Su actitud fue inicialmente malinterpretada por sus propios caballeros. Guillermo dándose cuenta de la sorpresa de sus caballeros por una aparente retirada mostrándoles lo que quedaba de una flecha clavada en su axila unos segundos después. Es célebre lo dicho por el Gran Maestre: "Je ne m'enfuit pas; je suis mort. Voici le coup". Al rato, rodeado de sus camaradas, exhaló el último aliento.
Al llegar la noche del 18 de mayo, los musulmanes ya se habían apoderado de prácticamente toda la ciudad. El único foco de resistencia se encontraba al sur de la ciudad, en la que era la fortaleza de los templarios al sur de la ciudad. Allí se dieron cita, junto con los 200 templarios, caballeros teutónicos y hospitalarios. Todos ellos sabían que no había opciones de salir con vida de ese último lance. Tras varios días de bombardeo, el sultán, viendo la determinación de los defensores, les ofreció la posibilidad de embarcarse sin ser molestados y envió un destacamento para controlar los preparativos.
El 25 de mayo, Pierre de Severy, comandante de los templarios, se avino a la rendición con la única condición de obtener salvoconductos hacia Chipre para los caballeros y refugiados civiles. Emisarios musulmanes entraron y procedieron a izar la bandera del Islam, en cuyo acto, mujeres y niños insultaron con fiereza a los mamelucos, respondiendo estos de manera semejante, los templarios en un intento por calmar los ánimos los separaron arma en mano, pero los mamelucos desconfiaron y desenfundaron sus cimitarras igualmente, la riña comenzó y tras minutos de combate, la disputa se saldó con la muerte de los mamelucos egipcios y el posterior cierre de las puertas de la fortaleza, reiniciando de esta manera las hostilidades.
Esa misma noche, el comandante Thibaud Gaudin (quien se convertiría en el próximo Gran Maestre) consiguió poner velas hacia Sidón al aparo de la oscuridad llevándose, según se cuenta, el tesoro templario, algunas sagradas reliquias, una pequeña fuerza de caballeros y unos pocos civiles.
Al día siguiente, 26 de mayo, el Sultán volvió a ofrecer las mismas condiciones a los defensores, ante esta tentativa, Pierre de Severy, el Mariscal de la Orden, no tuvo más remedio que salir de la fortaleza, acompañado por un pequeño séquito de caballeros para negociar la rendición. Cuando fue recibido por los musulmanes, él y su escolta, bajo la atenta mirada de quienes se quedaron dentro del castillo, fueron arrestados y ejecutados inmediatamente. No hubo más ofertas por parte del Sultán para que se produjera una evacuación pacífica y los templarios que habían permanecido dentro de la fortaleza, exhaustos, heridos y sin suministros, decidieron seguir defendiendo la guarnición, pues no tenían otra opción. Todavía continuaron peleando durísimamente durante dos días y consiguieron rechazar varios ataques mamelucos.
Sin embargo, en la noche del 28 de mayo, los zapadores mamelucos que habían procedido a minar los muros de la fortaleza, abrieron, con ayuda de explosivos y combustible, una brecha, permitiendo la entrada de 2,000 mamelucos. Pero al pasar los enemigos por la brecha, el edificio se vino abajo matando a defensores y atacantes sin distinción. Los templarios que no fueron aplastados por las rocas que se desplomaron siguieron luchando toda la noche y parte de la madrugada del día 29, sin embargo, fueron derrotados por la superioridad numérica de los invasores.
Al mismo tiempo que se derrumbaba el castillo templario, el puerto era cubierto con escombros para evitar un desembarco que tuviera por objetivo recapturar la ciudad.
En cuestión de meses, las ciudades restantes en poder de los cruzados cayeron con facilidad, incluyendo Sidón (14 de julio), Jaffa (30 de julio), Beirut (31 de julio), Tortosa (3 de agosto) y Atlit (14 de agosto). Sólo la pequeña isla de Arwad, o Rwad, en las cercanías de Tortosa pudo ser mantenida hasta 1302.
En total, el asedio de Acre duró sólo seis semanas, comenzando el 6 de abril y terminando con la caída de la ciudad el 18 de mayo, aun así, los templarios aguantaron en sus cuarteles hasta el día 28 del mismo mes, haciendo más vivo que nunca su lema "non nobis Domine, non nobis, sed nomine tuo da Gloria", "Nada para nosotros Señor, nada para nosotros, sino para la gloria de tu nombre". El sacrificio de los templarios de San Juan de Acre revalidó su regla de lealtad y de entrega a Dios.
